Gracias a la una publicación de Jeyson ya instale el toolbox de puerto serial para pinguino, el archivo lo renonmbre por consola dejo por si alguien lo quiere hacer de esta manera
primero accedí a la carpeta donde esta el archivo a modificar
cd home/usuario/.Scilab/scilab-5.3.3/atoms/serial/0.4-1/etc
tener cuidado en mi caso con los nombres de las carpetas, en mi caso por tener una versión anterior de Scilab y por estar en la carpeta de usuario, la ruta es
cd .Scilab/scilab-5.2.1/atoms/serial/0.4/etc
El problema tal como muestra Jeyson es en el nombre del archivo start que hay que cambiarlo, así que utilizamos el comando mv
mv serial.start Serial.start
Ya con esto solucionamos el problema de que no se encuentra el archivo Serial.start
Viene la parte de pinguino, pinguino se coloca en modo CDC para que el sistema lo reconozca como un dispositivo serial en este caso ttyACM1
Para guiarse en el modo CDC se puede descargar del siguiente enlace. Pinguino CDC
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